Arheološka istraživanja u kojima su sudjelovali brojni stručnjaci ili suradnici Muzej Grada Sibenika (Z. Gunjača, Z. Brusić, K. Kalauz, T. Pavičić, I. Pedišić, M. Menđušić, Ž. Krnčević) provodila su se još i 1973., 1974., 1977., 1990. – 1996. godine.

Posljednju istraživačku fazu 2017. – 2020. godine vodi javna ustanova Tvrđava kulture Šibenik (J. Pavić, A. Nakić).

Također su vršena konzervatorsko-restauratorska istraživanja i zahvati nadgledani od strane Konzervatorskog odjela u Šibeniku, u kojima su sudjelovali J. Ćuzela, M. Menđušić, M. Škugor, Ž. Stošić, I. Glavaš i M. Sinobad.

Stručne i znanstvene tekstove o Tvrđavi sv. Mihovila temeljene na povijesnim i arhivskim istraživanjima pisali su K. Stošić, Z. Gunjača, J. Ćuzela, Ž. Krnčević, I. Glavaš, J. Pavić, A. Nakić, A. Bakula.

Najveći dio materijala pronađenog na tvrđavi čuva se u Kulturno-povijesnom odjelu Muzeju grada Šibenika, u zbirci koju vodi viša kustosica M. Lambaša.

Na Tvrđavi sv. Mihovila nađeni su nalazi koji sežu od tisuću godina prije naše ere do 20. stoljeća. Proučavanje još uvijek traje, pronalaze se novi arhivski izvori, vrše se komparacije s drugim spomenicima, arheolozi još uvijek rade klasična iskopavanja, ali koriste i nove neinvazivne arheološke metode.

'Naša stara ljepotica zasigurno će još desetljećima iznenađivati stručnjake i posjetitelje', navode u Tvrđavi kulture.