Rođen je 14. rujna 1928. u Blatu na Korčuli gdje je završio osnovnu školu. Gimnaziju je pohađao u Dubrovniku i Splitu gdje je maturirao 1947. Iste godine upisao se na Pravni fakultet u Zagrebu. Tijekom studija radio je kao novinar u Studentskom listu i na Radio zagrebu. Diplomirao je 1953. Po završetku fakulteta radio je nekoliko godina u pravosuđu. Od 1955. do 1961. bio je djelatnik Kotarskog suda u Krapini, Okružnog suda u Zagrebu i Okružnog suda u Karlovcu. Asistent na pravnom fakultetu u Zagrebu postao je 1961. Te godine je magistrirao iz kaznenopravnih znanosti s temom „Žrtva krivičnog djela“, piše Večernji list.

Od 1963. do 1965. boravio je na Max-Planck-Institutu za kazneno i međunarodno pravo u Freiburgu gdje je dovršio specijalizaciju. Doktorirao je 1966. na Pravnom fakultetu u Ljubljani s temom „Krivično-pravna zaštita sigurnosti saobraćaja“.

Docent je postao 1967. a izvanredni profesor 1972. Te godine dobio je Fulbrigtovu stipendiju za specijalizaciju u Wasrensburg, MI, SAD. Redovni profesor postao je 1979. Kao stipendist Humboldtove zaklade 1979/80 bio je u Kolnu, Freiburgu i Berlinu. Bio je prodekan 1975. a desetljeće kasnije dekan Pravnom Fakulteta. Utemeljitelj je Jugoslavenskog viktimološkog društva 1985. Rektor Sveučilišta u Zagrebu bio je od 1989. do 1991.

Ministar pravosuđa bio je od 15. travnja 1999. do 27. siječnja 2000. godine. Tijekom tog mandata podnio je hrvatsku tužbu protiv SR Jugoslavije za genocid pred Međunarodnim sudom u Haagu. Kasnije je opisao kako je taj prijedlog najprije u lipnju te godine iznio na sjednici VONS-a. Protiv je bio ministar vanjskih poslova Mate Granić tvrdeći kako bi ta tužba pokvarila postojeći Sporazum o normalizaciji odnosa sa Srbijom. Predsjednik Tuđman je potom otvorio raspravu o tom pitanju i predmet stavio na glasovanje, što nije bio običaj. Svi su podržali tužbu osim Granića. 2. srpnja 1999. tužba je podnesena. Šeparović je kasnije objasnio da Hrvatska treba prihvatiti židovsko pravilo. „Prema Ustavu Izraela, nitko nije ovlašten u ime žrtava opraštati zločine“, citirao je.

2000. je bio predsjednički kandidat. Tu utrku završio je kao posljenji. Svojim pristašama je potom poručio da glasuju za Dražena Budišu. Tada je pobijedio Stipe Mesić.

2010. priključio se pokretu Hrvatski rast (Hrast). Ubrzo ga je napustio i vratio se HDZ-u. Član je većeg broja međunarodnih organizacija među kojima American Society od Criminology, American Society od Law and medicine, World Society od Law and Medicine te International Assotiation of Penal Law.

U braku s prvom suprugom Inge Perko Šeparović ima dvoje djece. Kćer Dušku, doktoricu biologije, koja radi u SAD-u pri institutu koji se bavi istraživanjem lijeka protiv AIDS-a i sina Boruta, redatelja avangardnog teatra „Montažstroj“. U drugom braku je bio s novinarkom Hrvatske televizije Brankom Šeparović.